因校企改革需要，新设立南京大学资本运营有限公司替代原南京大学资产经营有限公司，代表学校对经营性资产行使投资、经营和管理职能。南京大学资本运营有限公司于2021年4月6日成立，南京大学是公司的唯一出资人。公司注册资本2亿元人民币，统一社会信用代码：91320106MA25LTK9XX，法定代表人及公司董事长由方文晖担任。经营范围包括：授权范围内的国有资产经营、管理、转让、投资，企业托管，资产重组，高新技术成果转化和产业化等。

南京大学资本运营有限公司现有各级所投资企业17家，其中包括2家上市公司。这些企业依托南京大学的学科优势和科技成果，涉足电子器件、计算机软件、新型材料、环保、光学传感以及编辑出版、规划设计等行业。

南京大学资本运营有限公司代表学校对经营性资产行使投资、经营和管理职能，通过制度创新、科技创新、产学研合作，不断完善法人治理结构建设，加强企业党的建设，推进治理体系和治理能力现代化建设，推动企业高质量发展，更好地促进企业国有资产保值增值。